El Consejo Territorial ha sido un órgano colegiado de la Junta Directiva que desempeñó sus funciones durante el marco comunitario 2007-2013 para la gestión y control de las ayudas.
Estuvo compuesto por las siguientes entidades y representantes:
| Entidad | Representante | Cargo |
| ADEGUA | Jesús Rojano Aguilera | Presidente |
| Deleg. Provincial Agricultura | Francisco Zurera Aragón | Copresidente |
| Ayto. de Baena | Vicepresidente | |
| ADEGUA | José R. Guijarro Cárdenas | Secretario |
| ASAJA | Pilar Romero Cruz | Vocal |
| Asociación AMIKITIA | Sergio Pérez Párraga | Vocal |
| Asoc. Mujeres Isadora Duncan | Adelina Bello Barrón | Vocal |
| Asociación Regadíos Guadajoz | Jesús M. Albalá Agundo | Vocal |
| AUTECA | José A. Aguilera Jiménez | Vocal |
| Germán Baena, S.C.A. | Francisco P. Garrido Flores | Vocal |
| Ayto. de Baena | Vocal | |
| Ayto. de Castro del Río | José L. Caravaca Crespo | Vocal |
| Ayto. de Espejo | Francisco A. Medina Raso | Vocal |
| Ayto. de Nueva Carteya | Vicente Tapia Expósito | Vocal |
| Ayto. de Valenzuela | Antonio Pedregosa Montilla | Vocal |
| Caja Rural Ntra. Sral del Rosario | Antonio Luque Cuevas | Vocal |
| CajaSur | Francisco López Bermúdez | Vocal |
| CECO | Francisco C. Serrano Reyes | Vocal |
| CECO | Juan José Ruz Jurado | Vocal |
| CECO | Inés Ramírez Sánchez | Vocal |
| CECO | Antonio Díaz Córdoba | Vocal |
| CC.OO. | Manuel Merino Vera | Vocal |
| CC.OO. | Juana Cañabate Monterroso | Vocal |
| Consejo Regulador D.O. Baena | Francisco Núñez de Prado | Vocal |
| Cptva. Oliv. Germán Baena | Francisco P. Garrido Flores | Vocal |
| Cptva. Oliv. Ntra. Sra. de Guadalupe | Jorge de Prado Herrero | Vocal |
| Cptva. San Isidro | Mª Salud Urbano Ávila | Vocal |
| Diputación de Córdoba | Julio J. Criado Gámiz | Vocal |
| Plasma, S.C.A. | Mariano Bracero Rodríguez | Vocal |
| UGT | Francisco Vizcaíno Barea | Vocal |
| UGT | Mª Carmen Martínez Cívico | Vocal |
| COAG-UAGA | Carmen Gamiz Arenas | Vocal |
| UNEBA | Rafael Álvarez Onieva | Vocal |
| UPA | Pablo Serrano Jurado | Vocal |
| C.A.A.E. | Belén Luque Pinilla | Vocal |
| Sebastián Magro Fava | Sebastián Magro Fava | Vocal |